【令和8年度改正】グループ会社間取引は税務調査で要注意！書類保存義務と青色申告取消しリスクを税理士が解説

税務調査では、売上や経費の計上漏れだけでなく、近年は「グループ会社間取引の根拠資料がきちんと残されているか」という実務管理面が厳しく確認される傾向があります。

特に、親会社・子会社・兄弟会社など、同じグループ内で行われる取引は、外部取引に比べて契約書や請求書、業務内容の記録が曖昧になりがちです。

本記事では、令和8年度税制改正大綱でも大きな論点となっているグループ間取引の書類保存義務と、青色申告承認の取消リスク（注意点）について解説します。

1. グループ会社間取引は「身内だから大丈夫」ではない

同じグループ内での取引だからといって、契約や請求の管理が緩くなってしまうケースは少なくありません。しかし、税務調査では外部取引とまったく同じように、取引の実態が厳しくチェックされます。

代表的なグループ会社間取引としては、以下のようなものが挙げられます。

これらについて、税務調査では「なぜその金額なのか」「どの会社がどんな役務（サービス）を受けたのか」「契約や請求の実態はあるのか」が細かく確認されます。

2. 実態があっても「資料がない」と説明できない

仮に取引そのものに実態があったとしても、それを客観的に証明する資料が残っていなければ、税務調査の場で調査官を納得させることは不可能です。

実務上、特に問題になりやすい（否認されやすい）のは次のようなケースです。

「グループ間だから手続きを簡略化していた」という言い訳は、税務調査において有利に働くことは絶対にありません。

3. 書類保存が不十分だと「青色申告取消し」の致命的なリスクも

令和8年度税制改正大綱でも、グループ間取引に関する書類保存義務の見直しは極めて重要な論点として取り上げられています。

ここで経営者が最も注意すべきなのは、単に「経費（損金）として認められない」という話だけにとどまらず、書類保存義務違反が「青色申告承認の取消事由」になり得るという点です。

万が一、青色申告の承認が取り消されてしまうと、以下のような致命的なデメリットを被ることになります。

これは、該当する取引の税金だけでなく、会社全体の資金繰りや今後の決算・経営対策にも計り知れない大打撃を与えかねません。

4. 税務調査対策として日頃から整備しておきたい資料

グループ会社間取引について、税務調査官に「いつでも後から正当性を説明できる状態」にしておくためには、日頃から以下の資料をセットで整えておくことが不可欠です。

これらは取引が発生したその都度、リアルタイムで作成・保存しておくことが鉄則です。税務調査が入る直前に慌ててまとめて準備しようとしても、過去のデータや内容の整合性が取れなくなり、かえって税務署の不信感を招く原因になります。

5. まとめ｜グループ会社間取引こそ、資料整備が最大の防御

グループ会社間取引は、身内のやり取りで完結してしまうがゆえに、外部から見て実態が非常に不透明な分野です。だからこそ、税務調査では最も狙われやすく、重点的に確認される領域でもあります。

「身内の取引だから」「毎年同じ処理をしているから」と油断せず、契約書・請求書・計算根拠といったエビデンスを日頃から徹底して整備し、いつでも取引の正当性を説明できる体制を作っておくことが、会社を守る最も確実な税務調査対策となります。