1. 売上の計上漏れがないか（課税売上高の正確性）

消費税調査で最も指摘が多いのが、この「売上の計上漏れ」です。

• 全経路の売上確認：レジ売上、ネット販売、銀行振込、そして現金取引など、すべての販売経路が漏れなく帳簿にあるか確認されます。
• 現金商売の厳格チェック：レジの記録と実際の預金入金、帳簿の売上が一致しているか。ズレがあると「意図的な売上除外」を疑われるリスクがあります。

2. 仕入税額控除の適用要件（必要書類の有無）

仕入れや経費にかかった消費税を差し引く「仕入税額控除」が正しい書類に基づいているかが見られます。

• 法定帳簿と請求書等の保存：請求書や領収書が保存されていない場合、控除は認められません（消費税法第30条）。
• インボイス（適格請求書）：2023年10月以降、原則として適格請求書がない仕入れは控除が認められなくなりました。登録番号の確認と保管体制が最重要です。

3. 経費・資産区分の適正性（税率や分類の判断）

• 私的費用の排除：事業に関係のない個人的な支出が混ざっていないか厳しくチェックされます。
• 科目の誤区分：10万円以上の備品など、本来「資産」とすべきものを一括で「経費」処理していないか確認されます。
• 軽減税率の適用間違い：10％と8％の区分ミスは、会計ソフトの設定ミスも含めて指摘されやすいポイントです。